Eberhard Hackenthal wurde am 16. Februar 1931 als Sohn eines Chemikers in Berlin geboren. Seine Schulzeit war geprägt von den Wirrungen der Kriegs- und Nachkriegszeit in Berlin, wo er 1950 das Abitur ablegte. Anschließend studierte er Medizin an der Freien Universität Berlin und beendete das Studium 1959 mit der Note "sehr gut". Nach Absolvierung seiner Medizinalassistentenzeit am Pharmakologischen Institut, der Chirurgischen Klinik und der Frauenklinik der Universität Heidelberg wurde ihm 1960 die Approbation als Arzt erteilt.