Next-Generation Sequencing

Mit modernen Analysemethoden soll die molekulare Charakterisierung unterschiedlicher Leukämiearten in Zukunft verbessert werden. Auch könne so der Verlauf der Erkrankung besser vorhergesagt werden, heißt es in einer Pressemitteilung von Roche Diagnostics. Demnach seien die bei Leukämien entscheidenden Genmutationen mittlerweile zu weiten Teilen identifiziert. Jetzt konzentriere sich die Firma auf die diagnostische Umsetzung, um diese molekularen Erkenntnisse für die Patienten zugänglich zu machen.

Dazu wurden in der internationalen IRON-Forschungsstudie 74 Leukämie-assoziierte Gene ausgewählt, deren Sequenzanalyse jetzt vereinfacht und standardisiert wird. Dafür wurden 22 verschiedene Oligonukleotid-Primer-Platten entwickelt. Insgesamt testen die an IRON-II beteiligten Forscher 4200 Primer-Platten; die Ergebnisse sollen bei der diesjährigen Tagung der American Society of Hematology im Dezember in New Orleans eingereicht werden.

Das Potenzial der NGS-Systeme kann bei der chronisch-myeloischen Leukämie (CML) eingesetzt werden. Bei dieser Erkrankung kann die Therapie mittels moderner Tyrosinkinaseinhibitoren zur Selektion von resistenten BCR-ABL1-Mutationen führen. Die klassische Sanger-Sequenzierung sei nicht in der Lage, den hohen Grad an genetischer Komplexität und Dynamik bei auftretender Resistenz gegen Tyrosinkinaseinhibitoren abzubilden, wohingegen „Ultra-deep sequencing“ einen vielversprechenden Ansatz für Patienten in dieser Situation darstelle und zur Verbesserung einer individuellen Therapie weiterentwickelt werden solle, heißt es in der Pressemitteilung.

Ergebnisse von anderen Arbeitsgruppen zeigten zudem, dass die Hochdurchsatz-Sequenzierer Mutationen auch außerhalb bereits beschriebener „Hotspot“-Genregionen fänden und dass diese zusätzlichen Veränderungen auch eine prognostische Relevanz aufwiesen. Auch beim Nachweis von leukämischen Restzellen nach einer Behandlung habe sich NGS als sensitiver Assay erwiesen und werde momentan für akute Leukämien weiter verfolgt.

Die Sequenziergeräte haben eine lange Leseweite und vorgefertigte Primer-Platten für ein 454 Sequencing-System. Zur weiteren Validierung von NGS in der Routinediagnostik soll im Rahmen der IRON-Studie noch dieses Jahr ein internationaler Ringversuch zur Sequenzierung bei CML starten. 

Quelle: Pressemitteilung von Roche Diagnostics Deutschland GmbH, Mannheim, 5. August 2013